# plotg par Michel BAYLAC, Museum national d'Histoire naturelle, UMR CNRS 5202 OSEB
# 06/05/2008

plotg <- function(mat,cols=c(1,2),groupe,pchull=TRUE,llocate=TRUE,lcex=1.2, titre = " ", aspr = 1) {
	groupe <- as.factor(groupe)	
     groupn <- unique(groupe)		
     groupc <- as.numeric(groupn)
     col1 <- cols[1]			
	col2 <- cols[2]
	matc <- mat[,c(col1, col2)]
	xlbl <- paste("Axis",col1,sep = " ")	
	ylbl <- paste("Axis",col2,sep = " ")
     lim1 <- range(matc[,1])			
     lim2 <- range(matc[,2])
     plot(matc[,1],matc[,2],xlim=lim1,ylim=lim2, col=as.numeric(groupe),pch=20,xlab=xlbl,ylab=ylbl,cex=1.5, asp=aspr, main = titre)
	if (pchull == TRUE) {
     	for(i in 1:length(groupn)) {
     		gp <- matc[which(groupe == groupn[i]),]
			if(ncol(as.matrix(gp)) > 1) {
     			gpc <- gp[chull(gp),]
     			gpc <- rbind(gpc, gpc[1,])
     			lines(gpc[,1],gpc[,2],col=groupc[i],lty=1,lwd=1.5)
			}
		}
     }
   	if (llocate == TRUE) {
 	   	print("positionner la souris à l\'emplacement du coin supérieur gauche de la boîte légende")
         	print(" ... puis cliquer 1 seule fois avec le BOUTON GAUCHE")
         	lloc <- locator(1)
         	legend(lloc$x,lloc$y,as.vector(groupn),col=groupc,bty="n",pch=20, cex=lcex)
     }
 }