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## Une nouvelle génération de graphiques :  ## 
## introduction à ggplot2                   ##
## Jérôme SUEUR                             ## 
## Muséum national d'Histoire naturelle     ##
## semin-R, 20/05/2010                      ##
## http://rug.mnhn.fr/semin-r               ##
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### chunk number 2: diamonds
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library(ggplot2)
data(diamonds)
class(diamonds)  
diamonds <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 500), ]


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### chunk number 4: carat
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print(qplot(carat, price, data= diamonds))


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### chunk number 6: carat-col-size-shape
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print(qplot(carat, price, data= diamonds, colour = I("red"), size=I(2), shape = I(15), alpha = I(1/5)))


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### chunk number 8: boxplot
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print(qplot(color, price/carat, data=diamonds, geom="boxplot"))


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### chunk number 10: geom-compose1
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print(qplot(carat, price, data = diamonds, geom = c("point", "smooth")))



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### chunk number 12: geom-compose2
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data(movies)
print(qplot(mpaa, rating, data=movies, geom=c("jitter", "boxplot")))


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### chunk number 14: carat-cat-col-point
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print(qplot(carat, price, data = diamonds, colour = color))


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### chunk number 16: carat-cat-col-hist
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print(qplot(carat, data = diamonds, geom = "histogram", fill = color))


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### chunk number 18: carat-cat-col-dens
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print(qplot(carat, data = diamonds, geom = "density",  fill = color, alpha=I(1/5)))

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### chunk number 20: carat-cat-forme-point
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print(qplot(carat, price, data = diamonds, shape = cut))


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### chunk number 22: facets-ex1
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print(qplot(carat, data = diamonds, facets = color ~ ., geom = "histogram"))


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### chunk number 24: facets-ex2
###################################################
print(qplot(carat, data = diamonds, facets = . ~ color, geom = "histogram"))


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### chunk number 25: ggplot1
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p <- ggplot(mpg, aes(displ, hwy, colour = factor(cyl)))
summary(p)


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### chunk number 27: ggplot2
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print(p + geom_point() + geom_smooth(method="lm"))


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### chunk number 28: geom-line
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data(mtcars)
coef <- coef(lm(mpg ~ wt, data = mtcars)) 


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### chunk number 30: geom-line
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p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg))
print(p + geom_point() + geom_abline(intercept = coef[1], slope = coef[2], colour="red", size=1.25, linetype=5))


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### chunk number 32: annotation
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p <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point()
print(p + geom_text(aes(wt,mpg, label=rownames(mtcars)), hjust=-0.1, size=2.5, colour=alpha("blue",0.5)) + xlab("Poids") + ylab("Consommation"))


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### chunk number 34: position1
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print(ggplot(diamonds, aes(x=color, fill=cut)) + geom_bar(position="dodge"))


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### chunk number 36: facets2
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print(qplot(mpg, wt, data=mtcars) + facet_grid(cyl ~ vs, margins=TRUE))


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### chunk number 38: facets2b
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print(qplot(mpg, wt, data=mtcars) + geom_smooth(aes(colour=factor(am)), method="lm") + facet_grid(cyl ~ .))