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# Sémin-R du Muséum national d'Histoire naturelle                              #
# 08-01-2008                                                                   #
# Jérôme Sueur (MNHN, DSE, OSEB, sueur@mnhn.fr)                                #
# "Sauvegarde des graphiques: formats et méthodes"                             #
# R.2.61 / WIndow XP Pack2                                                     #
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# CREATION D'UN PLOT SIMPLE DE REFERENCE
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x<-rep(1:10,10)
y<-rep(1:10,each=10)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test")




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# SAUVEGARDE DEPUIS LA FENETRE GRAPHIQUE (GRAPHICS DEVICE)
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# Fichier | Copier vers le presse-papier... :
# ctrl+c [matriciel]
# ctrl+w [vectoriel]
# Conserve le format de la fenêtre
# Raccourcis pour sauvegarde directe dans le presse-papier
# Très rapide mais qualité moyenne, utile pour des graphiques exploratoires


# Fichier | Sauver sous... :
# Sauve directement en différents formats
# Pratique mais pas d'options de dimension ni de résolution.
# Vectoriel (métafichier...) = .emf = enhanced metafile, vectoriel 32 bits de windows
# postscript = .ps = vectoriel
# PDF = portable document format = vectoriel pour Adobe Acrobat et Reader
# PNG = portable netwwork graphics =  matriciel non destructeur
# BMP = matriciel de windows, non destructeur, universel
# JPEG = Joint Photographic Experts Group = matriciel destructeur, universel

# Pour un graphique simple
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test")
# Si on teste les différentes formats, on obtient par ordre de poids
# PNG [5 ko] / PS [12 ko] / PDF [13 ko] / JPG_50% [29 ko] / JPG_75%  [36 ko] /
# EMF [38 ko] / JPG_100%  [81 ko]/ BMP [467 ko]
# Soit graphiquement:
format<-1:8 ; poids1<-c(5,12,13,29,36,38,81,467)
formatlabel<-c("PNG","PS","PDF","JPG_50%","JPG_75%","EMF","JPG_100%","BMP")
plot(format,poids1,type="l",col="grey",
    xlab="Format",ylab="Poids du fichier (ko)",ylim=c(0,2200),font.lab=2)
text(formatlabel,x=format,y=poids1,cex=0.75,col=c(2,4,4,2,2,4,2,2),font=2)

# Mais si on refait la même expérience avec un graphique plus complexe
# c'est-à-dire avec plus de points, par exemple:
x11()      # nouvelle fenêtre graphique
filled.contour(volcano, color = terrain.colors, asp = 1)
dev.off()  # fermeture de la fenêtre graphique
# Le classement devient
# PNG [13 ko] / PS [908 ko] / PDF [983 ko] / JPG_50% [27 ko] / JPG_75%  [36 ko] /
# EMF [2169 ko] / JPG_100%  [139 ko]/ BMP [467 ko]
# On complète le graphique suivant:
poids2<-c(13,908,983,27,36,2169,139,467)
lines(poids2,col="grey",lty=2)
text(formatlabel,x=format,y=poids2,cex=0.75,col=c(2,4,4,2,2,4,2,2),font=2)
legend("topleft",c("Matriciel","Vectoriel"),text.col=c(2,4))
legend("topright",c("Simple","Complexe"),lty=c(1,2),col="grey")
# Conclusion: à vous de choisir selon
# (1) la complexité du graphique,
# (2) la taille de votre espace de stockage
# (3) les exigences de l'éditeur...




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# SAUVEGARDE DEPUIS LA CONSOLE EN MATRICIEL
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# Les menus de la fenêtre graphique ont un équivalent en console
# mais la commande ne donne pas plus de liberté:
?savePlot()

# Pour avoir plus d'options, il faut suivre un principe en 3 étapes
# (1) appel d'une fonction sortie graphique à choisir entre:
bmp("test2.bmp")
png("test2.png")
jpeg("test2.jpg")
# (2) insertion des lignes de commandes graphiques
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test")
# (3) fermeture du graphique
dev.off()

# Attention le graphique est sauvegardé dans le dossier de travail par défaut,
# si vous voulez le sauver dans un répertoire particulier il faut soit :
# (1) changer le chemin par défaut avec setwd(),
setwd("C:/")
# (2) utiliser le menu de la console:  Fichier |Changer le répertoire courant...
# (3) modifier directement le nom du graphique
bmp("C:/test2.bmp")

# Modifions maintenant les arguments des fonctions de sortie graphique
# On se limite à la fonction jpeg() car png() ne conserve pas toujours le titre !
# bug apparemment lié à windows... idem sous Linux?

# Par défaut
jpeg("test2_1.jpg")
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_1")
dev.off()

# Changeons le paramètre pointsize
# Par défaut point size = 12, interprété comme 72 dpi
# qui est la résolution des écrans. Sachant que 1 inch = 2.54 cm :
# 72 pixels/inch d'écran = 28 pixels/cm d'écran
# si bien que 1 point écran = 1 point sortie
# Avec pointsize = 12, on obtient à peu près ce que l'on voit à l'écran
# Que se passe-t-il si on l'augmente ?
jpeg("test2_2.jpg",point=12*1.25)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_2")
dev.off()
# Résultat: petit problème...

# Augmentons alors les dimensions du graphique
jpeg("test2_3.jpg",width=480*1.25,height=480*1.25,point=12*1.25)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_3")
dev.off()
# Résultat: on récupère à peu près la même chose mais le graphique est plus grand
# Il faut donc jouer sur les deux paramètres en même temps

# Depuis peu, il est possible de spécifier les dimensions du graphique en cm et en mm
# au lieu des inch et du nombre de pixels(ouf !)
# Dans ce cas, il est nécessaire de renseigner la résolution de sortie
# par exemple 300 dpi (=118 pixels/cm) qui est la résolution calssique d'impression
# On essaye un graphique de 12 cm par 10 cm avec une résolution de 300 dpi
jpeg("test2_4.jpg",width=12,height=10,units="cm",res=300)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_4")
dev.off()
# Résultat = bien différent !

# La correspondance en pixels s'écrit ainsi:
jpeg("test2_5.jpg",width=118*12,height=118*10)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_5")
dev.off()
# Résultat = on retrouve bien la même chose (ouf!)

# Revenons aux centimètres
# Si on veut augmenter la résolution par 2
jpeg("test2_6.jpg",width=12,height=10,units="cm",res=300*2)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_6")
dev.off()
# Résultat = le poids du fichier augmente, la taille des points diminue
# Ce n'est pas beau !
# Augmentons alors la taille des points
# On multiplie par 4 car 300/72 = 4.16 et par défaut pointsize = 12 = 72 dpi
jpeg("test2_7.jpg",width=12,height=10,units="cm",point=12*4,res=300*2)
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test2_7")
dev.off()
# Résultat = (ouf!) Il ne faut pas oublier que résolution = nombre de pixels/cm !


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# SAUVEGARDE DEPUIS LA CONSOLE EN VECTORIEL
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# Il y a trois fonctions possibles
# Dans tous les cas on peut modifier les dimensions du graphique
# avec les arguements height et width, cette fois-ci en inch (!!)

# Format postscript (.ps)
postscript("test3_1.ps")
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test3_1")
dev.off()

# Format encapsuled postcript (.eps) = postcript pour Adobe
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test3_2")
# Vous pouvez changer la forme du graphique à l'écran,
# ces modifications seront conservées lors de la sauvegarde
# Il est nécessaire d'avoir installé Ghostscript et GsView
# pour que cette fonctionne marche
dev.copy2eps(file="test3_2.ps")

# Format PDF
pdf("test3_3.pdf")
plot(x,y,col=1:10,cex=3,pch=15,main="test3_3")
dev.off()


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# SAUVEGARDE DE PLUSIEURS FICHIERS (BOUCLE)
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# On peut faire des boucles et sauver plusieurs images à la suite
# Par exemple en format matriciel
z<-1:1000
for (i in 1:9)
{
jpeg(paste("test4_",i,".jpg",sep=""))
plot(z^(i+1),type="l",col=i,main=paste(i))
dev.off()
}