PRESENTATIONS

Les présentations des réunions et des diverses journées sont disponibles ci-dessous.
Un grand merci aux auteurs qui ont accepté de laisser en libre accès leur travail (ne pas oublier de les citer !) !

PRESENTATIONS DU 16 JUIN 2017

• NEW! BRIATTE François & GALLIC Ewen (European School of Political Science (ESPOL), Lille)
  Reconstituer l'espace partisan français à partir de Twitter
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! BRUN François (ACTA - RMT modélisation & analyse de données, Lille)
  Valorisation des données d'épidémio-surveillance du domaine agricole et création d'outils pour les acteurs régionaux du Bulletin de santé du végétal
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! DANDINE-ROULLAND Claire (Université Paris Sud, Orsay)
  Gaston, un package R pour les données de génome entier
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! GOMBIN Joël (datactivist, Paris)
  Donnez des couleurs à vos analyses avec package Monet(DBLite)
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  www



• NEW! GIRAUD Timothée (UMS RIATE (CNRS), Université Paris Diderot, Paris)
  Cartographie avec R, le package cartography
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  www



• NEW! GUILLAUMOT Charlène & MARTIN Alexis (Laboratoire de Biologie Marine CP160/15, Université Libre de Bruxelles, Bruxelles)
  Package R: SDMPlay. Species Distribution Modelling Playground
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! KIENER Patrice (InModelia, Paris)
  Distributions à queues épaisses et package FatTailsR
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! LEVINE Thomas
  Au-delà des camemberts: comment transformer des données en vidéo, son, et nourriture
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  code source
  compilation
  images, vidéos, musiques
  site perso
  



• NEW! LEVI-VALENSIN Michaël (DRAAF Grand Est, Châlons-en-Champagne)
  Faire des portraits de territoires avec Shiny, c'est facile !
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! MIELE Vincent (Laboratoire Biometrie et Biologie Evolutive, Lyon)
  Le calcul parallèle pour non-spécialistes, c'est maintenant !
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! PHILIPPE Anne & VIBET Marie-Anne (Laboratoire de Mathématiques Jean Leray Université de Nantes, Nantes)
  Modélisation bayésienne d'une chronologie d'événements archéologiques et analyse des chaines de Markov à l'aide du package 'ArchaeoPhases'
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! RENAUD, Auriane, DOS SANTOS Arlindo & SEMECURBE François (Pôle Analyses Urbaines-Insee, Paris)
  btb : Beyond the Border. Un package d'analyse urbaine
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  



• NEW! SCHMITT, Eglantine (Université de Technologie de Compiègne, Compiègne)
  Une application Shiny pour la cartographie bibliométrique de domaine scientifique
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  github



• NEW! TRAN, Bastien (Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines)
  Présentation du package 'dplyr' et de l'opérateur '%>%' (pipe)
  Semin-R du MNHN, 16 Juin 2017
  

BASES

• SUEUR, Jérôme & MORAND, Elisabeth
  R: liberté, gratuité, fraternité
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  



• HERVE, Maxime (UMR 1099 INRA, Agrocampus Ouest, Université Rennes 1 BiO3P)
  Débuter avec R
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

GESTION DE R ET INTERACTIVITE

• TROUDET Julien (UMR 7205, MNHN, Paris)
  rJava : utilisation parallèle et communication entre deux langages informatiques
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• BOULAIN Nicolas (SPN, MNHN, Paris)
  R au coeur d'applications web pour la gestion et le traitement des données sur serveur Apache
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• BLIN Amandine (MNHN, Paris)
  Le package Shiny : création d'applications interactives
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• LE PAPE Gilles (AnaStats, Tours)
  R commander pour utiliser R avec des menus déroulants
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• BESSONEAU Pascal (Ministère Education Nationale, Paris)
  knitr, produire des documents dynamiques intégrant les dernières évolutions de R
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  
  Code source de la présentation
  Exemple de sortie pdf
  Exemple de sortie html via markdown



• GUERRY, Bastien (CNAM, Paris)
  Manipuler du code source avec Org-mode : des exemples avec R.
  Semin-R du MNHN, 31 Mai 2012
  Page web org-R
  



• BARDIN, Jérémie (MNHN, Paris)
  Tcl/tk : comment un Rophobe peut utiliser un script R sans angoisse.
  Semin-R du MNHN, 31 Mai 2012
  



• PONGER Loïc (UMR 7196 Régulations et dynamique des génomes, MNHN)
  Sweave: l'intégration de code R dans vos documents
  Semin-R du MNHN, 29 Mars 2012
  Présentation
  Exemple avec LaTeX
  Code de l'exemple avec LaTeX
  Exemple avec Open Office
  Code de l'exemple avec Open Office
  
  
  
• ARBEL, Julyan (INSEE - CREST)
  RStudio is good for you!
  Semin-R du MNHN, 7 Février 2012
  
  
  
  
• BAYLAC, Michel (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Gestion des couleurs sous R.
  Semin-R du MNHN, 8 Janvier 2008
  



• SUEUR, Jérôme (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Comment trouver de l'aide ?
  Semin-R du MNHN, 12 Février 2008
  



• PEDRAZA, Julio (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Données sous R: stockage et échange.
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2008
  



• HOCKING, Toby (INRIA Paris)
  Sustainable package development using documentation generation. [Création d'un package]
  Semin-R du MNHN, 21 Octobre 2010
  



• VELLAY, Stéphane (Accelrys Ltd Londres)
  How can Pipeline Pilot help you?
  Semin-R du MNHN, 25 Novembre 2010
  



• POUZAT, Christophe (UFR biomédicale de l'Université Paris-Descartes, UMR 8118, Laboratoire de Physiologie Cérébrale)
  Introduction à l'éditeur emacs et à son mode ESS pour R
  Semin-R du MNHN, 16 Décembre 2010
  Version diapo
  Version imprimable (mise à jour prochaine)
  



• GENOLINI, Christophe (Université Paris Ouest)
  Construire un package avec R.
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

BASES DE DONNEES

• BAUDOIN, Raymond (MNHN, Inventaire et Suivi de la Biodiversité - CBNBP)
  Utiliser R pour travailler avec une base de données.
  Semin-R du MNHN, 23 Octobre 2008
  



• BAUDOIN, Raymond (MNHN, Inventaire et suivi de la biodiversité - CBNBP)
  Utiliser SQL pour manipuler des données sous R.
  Semin-R du MNHN, 11 Février 2010
  
  Code des exemples
  Données



• BAUDOIN, Raymond (MNHN, Inventaire et suivi de la biodiversité - CBNBP)
  Accéder à une base de données avec R.
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

PROGRAMMATION

• STOTZ, Alicia (CNRS UMR 8071, Laboratoire Statistique et Génomique, Evry)
  Interface R/C.
  Semin-R du MNHN, 31 Mai 2012
  



• COMACHO, Anton (ENS Paris, UMR 7625 Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques)
  Récurrence en R.
  Semin-R du MNHN, 11 Mars 2008
  



• BAYLAC, Michel (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  plotg.R, un exemple de fonction graphique avec légendes interactives : introduction à l'écriture d'une fonction.
  Semin-R du MNHN, 6 Mai 2008
  
  Code de la fonction plotg

GRAPHIQUES

• BRIATTE François (IEP Grenoble / ESPOL Lille)
  Collecte et visualisation de données législatives avec R
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• BEAUGUITTE Laurent (UMR IDEES, Caen)
  L'analyse de réseaux avec R - un état des lieux
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• HOCKING, Toby Dylan (Institut Curie, INSERM U900, INRIA-Sierra)
  Développements récents dans l'annotation directe des graphiques
  Semin-R du MNHN, 29 Mars 2012
  
  
  
  
• MILLOT, Gaël (Université Pierre et Marie Curie, Institut Curie)
  Gestion avancée des couleurs
  Semin-R du MNHN, 7 Février 2012
  
  
  
  
• SUEUR, Jérôme (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Sauvegarde des graphiques : formats et méthodes.
  Semin-R du MNHN, 8 Janvier 2008
  



• EVIN, Allowen (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Variations autour des boîtes à moustaches.
  Semin-R du MNHN, 12 Février 2008
  



• SIMONIS, Caroline (MNHN, UMR 7179 Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés)
  Mise en forme de la fenêtre "graphique" : agencements complexes de figures.
  Semin-R du MNHN, 8 Avril 2008
  



• BAYLAC, Michel (MNHN, UMR 5202 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  plotg.R, un exemple de fonction graphique avec légendes interactives : introduction à l'écriture d'une fonction.
  Semin-R du MNHN, 6 Mai 2008
  
  Code de la fonction plotg



• ZIRAH, Séverine (MNHN, Molécules de communication et adaptation des micro-organismes FRE 3206 CNRS / USM 502 MNHN)
  Histogrammes.
  Semin-R du MNHN, 21 Janvier 2009
  
  Code des exemples



• HOCKING, Toby (ENS, Laboratoire d'Informatique & Institut Curie, Centre de recherche Biologie du developpement)
  Le package lattice pour visualiser les données multivariées
  Semin-R du MNHN, 15 Octobre 2009
  
  Code des exemples



• SUEUR, Jérôme (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Une nouvelle génération de graphiques : introduction à ggplot2
  Semin-R du MNHN, 20 Mai 2010
  
Code des exemples


• SUEUR, Jérôme (MNHN, UMR 7205 OSEB, Paris)
  Optimiser ses graphiques avec R
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

SERIES TEMPORELLES

• SUEUR Jérôme (UMR 7205, MNHN, Paris)
  La sonification ou comment transformer des données en sons
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  
  Fichiers sons
  



• VAUDOR Lise (UMR 5600 Environnement Ville et Société, Lyon)
  The Wavelet ToolKit: une appli Shiny pour l'analyse de séries par les transformées en ondelettes
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• POUZAT, Christophe (UFR biomedicale de l'Universite Paris-Descartes, UMR 8118, Laboratoire de Physiologie Cerebrale)
  Lissage et estimation fonctionnelle avec R
  Semin-R du MNHN, 12 Février 2009
  
  Code des exemples



• SIMONIS, Caroline (MNHN, UMR 7179 Mécanismes adaptatifs : des organismes aux communautés)
  Description et quantification de la trajectoire d'un animal au cours du temps
  Semin-R du MNHN, 21 Novembre 2008
  



• SUEUR, Jérôme (MNHN, UMR 5202 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Introduction à l'analyse de séries temporelles sous R
  Semin-R du MNHN, 21 Novembre 2008
  



• GENOLINI, Christophe & FALLISARD, Bruno (Université Paris X & INSERM U669 Paris-Sud Innovation Group In Adolescent Mental health)
  KmL, K-means pour données longitudinales.
  Semin-R du MNHN, 21 Janvier 2010
  
  



• PICARD, Franck (UMR 5558 UCB CNRS LBBE, Lyon)
  Modèles de détection de ruptures et applications avec le logiciel R
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  



• GABADINHO, Alexis & RISCHARD, Gilbert & MULLER, Nicolas & STUDER, Matthias (Institut d'études démographiques et du parcours de vie, Université de Genève)
  L'analyse de séquence dans R avec la librairie TraMineR
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

STATISTIQUES

• BERGE Laurent (UMR 8145, Mathématiques Appliquées à Paris 5, Université Paris Descartes, Paris)
  HDclassif: un package pour le clustering de données en grande dimension
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• SOUBIRAN Thomas (UMR 8026 Centre d'Etudes et de Recherches Administratives Politiques et Sociales, Lille)
  Cartes auto-organisatrices de Kohonen et typologisation de territoires
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• HUSSON François (Agrocampus Ouest, Rennes)
  L'analyse de données avec FactoMineR : quelle évolution en 10 ans ?
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• PERRARD Adrien (UMR CNRS 7205, MNHN, Paris)
  Mclust : déceler des groupes dans un jeu de données grâce aux mélanges gaussiens
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• GARNIER Bénédicte (INED, Paris)
  Analyse de textes avec des outils R de statistique textuelle
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• FALISSARD, Bruno (INSERM U669, Maison de Solenn, Paris)
  Introduction à la validation statistique d'un questionnaire
  Semin-R du MNHN, 31 Mai 2012
  



• LATOUCHE, Pierre (Laboratoire SAMM, EA 4543, Université Paris 1)
  Clustering de noeuds dans les réseaux à l'aide de mixer et osbm
  Semin-R du MNHN, 29 Mars 2012
  



• MORAND, Elisabeth (INED)
  Une introduction à l'Analyse Factorielle Multiple (AFM)
  Semin-R du MNHN, 24 Février 2011
  
  Données thé en .csv
  



• POUZAT Christophe (MAPS, Université Paris Descartes)
  Analyse fonctionnelle avec le paquet fda
  Semin-R du MNHN, 29 Mars 2012
  
  
  
  
• BALLESTEROS, Sébastien (ENS Paris, UMR 7625 Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques)
  Le modèle linéaire avec R : fonction lm().
  Semin-R du MNHN, 11 Mars 2008
  
  Age des brochets et DDT [Extrait de R Book]
  Compétition chez les plantes [Extrait de R Book]
  Herbivorie et production des graines [Extrait de R Book]
  
  
  
• ROBIN, Stéphane (INRA, UMR 518 AgroParisTech)
  Breakpoint detection in biological and environmental sequences.
  Semin-R du MNHN, 8 Avril 2008
  



• PONGER, Loïc (MNHN, Régulation et Dynamique des Génomes)
  Rééchantillonnage sous R : bootstrap et jackknife.
  Semin-R du MNHN, 6 Mai 2008
  



• BALLESTEROS, Sébastien (ENS Paris, UMR 7625 Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques)
  Le modèle linéaire généralisé avec R: fonction glm().
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2008
  



• BALLESTEROS, Sébastien (ENS Paris, UMR 7625 Fonctionnement et Evolution des Systèmes Ecologiques)
  Introduction au modèle linéaire mixte.
  Semin-R du MNHN, 18 Décembre 2008
  



• BAYLAC, Michel (MNHN, UMR 7205 Origine, Structure et Evolution de la Biodiversité)
  Partial Least Sqaures (2-blocks PLS).
  Semin-R du MNHN, 21 Janvier 2009
  
  



• PONGER, Loïc (MNHN, Régulation et Dynamique des Génomes)
  Une introduction à la classification hiérarchique.
  Semin-R du MNHN, 23 Juin 2009
  
  Code des exemples



• MILLOT, Gaël (UMR 3244 IC-CNRS-UPMC)
  Tester les proportions à l'aide de R.
  Semin-R du MNHN, 17 Novembre 2009
  Présentation issue de Millot G. (2009) Comprendre et réaliser les tests statistiques à l'aide de R
  



• MORAND, Elisabeth (INED)
  Analyses Factorielles avec R.
  Semin-R du MNHN, 10 Décembre 2009
  
  Code des exemples
  Données "temperature"
  



• MATEI, Alina & TILLE, Yves (Institute of Statistics, University of Neuchâtel,Suisse)
  Sondages avec le package Sampling
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

ANALYSE PHYLOGENETIQUE

• CHAZOT Nicolas (UMR CNRS 7205, MNHN, Paris)
  Diversitree : un package pour lier évolution et diversification des caractères biologiques
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• MARIADASSOU, Mahendra (INRA - Unité MIG, Jouy-en-Josas)
  Stabilité des arbres phylogénétiques
  Semin-R du MNHN, 7 Février 2012
  
  
  
  
• NATTIER, Romain (MNHN - UMR CNRS 7205 OSEB)
  Dessine-moi un arbre : représentation graphique des arbres phylogénétiques avec le package ape
  Semin-R du MNHN, 28 Janvier 2011
  
  
  
  
• SCHLIEP Klaus (Université Paris VI - MNHN)
  Phylogenetics in R : package phangorn
  Semin-R du MNHN, 18 Mars 2010
  
  
  
  

ANALYSE SPATIALE

• SOUBIRAN Thomas (UMR 8026 Centre d'Etudes et de Recherches Administratives Politiques et Sociales, Lille)
  Cartes auto-organisatrices de Kohonen et typologisation de territoires
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• BERTELSMEIER Cléo (Université de Lausanne, Suisse)
  Prédiction de la distribution spatiale en écologie : modèles de niche et dispersion avec les packages Biomod2 et MigClim
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• COMMENGES Hadrien & GIRAUD Timothée (UMR 8504 Géographie-cités, Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne & CNRS UMS 2414 RIATE, Paris)
  Du point à la surface : interpolation et interaction spatiale
  Semin-R du MNHN, 10 Juin 2016
  



• DESSAINT Fabrice (INRA, Dijon)
  Automatiser la production de fiches avec R.rsp : exemple de création d'un atlas botanique
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• COMMENGES Hadrien, CURA Robin, MATHIAN Hélène (UMR Géographie-cités, Paris)
  R et espace : retour sur les aspects spatiaux du manuel ElementR
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• BILODEAU Clélia & Frédéric Gob & THOMMERET Nathalie (LADYSS et Laboratoire de Géographie Physique, Paris)
  Une chaîne de traitement automatisée sous R : du chargement de données à la production de cartes et de modèles statistiques pour l'analyse d'une base de données hydromorphologiques nationales
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013
  



• SUEUR, Jérôme (MNHN - UMR 7205 OSEB)
  Création de fonds de cartes statiques et dynamiques avec R et Google Maps
  Semin-R du MNHN, 7 Février 2012
  
  
  
  
• CALENGE, Clément (Office national de la chasse et de la faune sauvage)
  L'analyse de l'utilisation de l'espace par la faune sauvage. Utilisation du package adehabitat et des autres packages d'analyse spatiale pour le logiciel R.
  Semin-R du MNHN, 14 Mai 2009
  
  
  
  
• BAUDOIN, Raymond (MNHN - Inventaire et suivi de la biodiversité, Paris)
  Utiliser des fichiers spatiaux dans des applications R
  Semin-R du MNHN, 17 Mars 2011
  
  Données
  
  

MORPHOMETRIE

• BAYLAC, Michel (MNHN, UMR 7205 OSEB, Paris)
  Exploration et discrimination des formes (package Rmorph)
  Journée Palettes R INED-SFdS-MNHN, 28 Avril 2011
  

CHIMIE

• ZIRAH Séverine (UMR CNRS 7245, MNHN, Paris)
  Le package XCMS pour l'analyse de profils de chromatographie liquide - spectrométrie de masse
  Semin-R du MNHN, 24 Mai 2013